Mit dem Zusammenbruch der DDR begann sich das Bildungssystem Ostdeutschlands zu wandeln. Ziel des DDR-Systems war es gewesen, die Schüler zu "sozialistischen Persönlichkeiten" zu erziehen.
In der Wendezeit von 1989/90 suchten viele Eltern für ihre Kinder nach wertorientierter Erziehung und Bildung, die den ganzen Menschen in seiner Würde und Freiheit im Sinne des christlich-humanen Menschenbildes achtet.
In dieser Situation sahen sich die Verantwortlichen der Magdeburger Ortskirche herausgefordert und gründeten die ersten Gymnasien in Trägerschaft der katholischen Kirche. Heute ist die Edith-Stein-Schulstiftung des Bistums Magdeburg Träger von vier Grundschulen, einer Sekundarschule und drei Gymnasien in Sachsen-Anhalt.
Darüber hinaus engagieren sich das Bistum und katholische Verbände in der berufsbildenden Arbeit und in der Erwachsenenbildung.